Campeche tiene su origen en una de las más antiguas e importantes civilizaciones: la maya; formó parte de la provincia maya de Ah Kin Pech y fue el poblado principal.

El nombre de Campeche proviene de la interpretación española de los vocablos mayas de Ah Kin Pech que significan "El Señor Sol Garrapata" de Ah: señor, Kin: Sol o Ah Kin: sacerdote, y Pech: garrapata; pero probablemente, su pronunciación fue difícil para los españoles que le nombraron Kan Pech, cuya traducción es "Lugar de Serpientes y Garrapatas", que deformado, aún existe hasta nuestros días. Otra versión relata que este nombre parece referirse a uno de sus templos de mampostería construido sobre una plataforma en donde habían varias esculturas de serpientes con una garrapata en la cabeza, como animales totémicos.

La ciudad de Campeche es llamada tradicionalmente, la "Ciudad Misteriosa" debido a que debajo de ella existen cuevas y galerías subterráneas que se suponen fueron hechas por sus primeros pobladores como refugio y salidas ocultas para escapar de los piratas. Dice la historia que en 1685, vencida la guarnición y refugiados los vencidos en la hoy Catedral, escaparon por una galería subterránea, desde abajo del altar mayor hasta el llamado cerro de La Eminencia. Ha sido comprobada la existencia de cuevas con bóvedas apuntaladas por pilares.